تعتبر وكالة الكراسي البحثية هي مرجعية كراسي البحث، وهي المسؤولة عن تقديم المساندة الإدارية والفنية لكراسي البحث لتحقيق الأهداف العامة لها. كما تقوم بتنظيم الدعم المالي لكراسي البحث حسب اللوائح التنظيمية المعمول بها وفق الخطط التشغيلية المعتمدة لهذه الكراسي. ومن مهامها القيام بعملية التقييم الدوري لكراسي البحث.