تعد وكالة كراسي البحث مرجعية الكرسي البحثي، وهي المسؤولة عن تقديم المساندة الإدارية والفنية لكراسي البحث لتحقيق الأهداف العامة لها، وإقتراح آليات تقييم الكراسي البحثية، وإنجاز التقييم الدوري للكراسي البحثية وفق مؤشرات الأداء المعتمدة. إضافة لذلك، تقوم وكالة كراسي البحث بما يلي:

• اعتماد أنشطة الكرسي البحثي.

• تنظيم الدعم المالي للكراسي البحثية، وفقاً للقواعد التنظيمية المعمول بها والميزانية المعتمدة للكراسي البحثية.

• المساهمة في التسويق للكراسي البحثية ومنتجاتها.